当然、色々あるかと思います。
そもそも、特許侵害は特許権が存在しないと成り立ちません。
一方、営業秘密侵害は営業秘密の存在が必要です。
ここで、大きな違いの一つに、営業秘密侵害は“人”が介在する場合が多い一方、特許侵害は“人”の介在はないということでしょうか。
営業秘密侵害における人の介在の典型的なパターンは、転職者でしょうか。具体的には、営業秘密を保有する企業の元従業員が競合他社に転職する場合に、この元従業員が営業秘密を持ち出すパターンです。このように元従業員の転職と共に侵害が発生するようなことは、特許侵害では考え難いです。
そして、営業秘密侵害では、被告企業と共にこの元従業員も被告となる場合が多々ありますし、この元従業員は刑事責任を負う場合もあります。
また、訴訟が提起された後の被告企業の対応も異なるかと思います。
特許侵害の場合であれば、当該特許権の無効を争うでしょうし、訴訟で侵害の事実が認められた場合に備え、製品の仕様変更や製品の販売停止等を検討するでしょう。
一方、営業秘密侵害であれば、原告が営業秘密と主張する情報の秘密管理性、有用性、非行知性の妥当性を争うでしょう。
ここで、営業秘密侵害の場合には、営業秘密を持ち込んだ疑いのある転職者（原告の元授業員）の処遇も被告企業は考えることになるでしょう。
営業秘密侵害の場合において被告企業は、訴訟を提起されるまで又は原告企業から警告等されるまで、転職者が原告企業の営業秘密を持ち込んだことを認識しない可能性が高いと思われます。
このような状況において被告企業は、この転職者にそれまでと変わらず業務を遂行させることができるのでしょうか？それは難しいかもしれません。一旦、全く異なる業務に従事させるという判断もあり得ます。
さらに、訴訟は２～３年も継続される可能性もあります。結論が出ない間、被告企業は当該転職者の処遇をどのようにするべきか悩むでしょう。
また、被告敗訴となった場合、当該転職者をどうするべきでしょうか？解雇するのでしょうか？
ここで、このような転職者は、原告企業の営業秘密を知り得る立場にあることから、転職先である被告企業にとっても優秀な人材の可能性が高いかと思います。実際に、転職者が被告企業で厚遇を得ていたことが示唆される裁判もあります。
被告企業にとっては、このような優秀な転職者に対して当初予定していた業務を遂行させることができない事態や解雇する事態に陥ることは、甚だ不本意でしょう。
このように営業秘密侵害では、被告企業にとってこのような人的問題も発生する可能性が考えられます。
逆に考えると、企業（転職元企業）は元従業員の転職先企業に対して、営業秘密侵害を問うことで転職先企業における元従業員の業務遂行を妨害できる可能性があります。
それが、ボンバルディアが三菱航空機に対して行った訴訟かもしれません。
これに対して、三菱航空機はボンバルディアに反訴を行うという手段で対向しています。人材の流動化が高まっている現在、このような訴訟も増加するかもしれません。
では、転職者を受け入れる企業はどうするべきでしょうか？
対策としては、当該企業が営業秘密の流入リスクを十分に理解したうえで、転職者に対しても前職企業が保有する営業秘密の持ち込みは刑事罰もあり得る違法行為であることを入社前に理解してもらうことです。
また、入社後に転職者の上司等が、前職企業の営業秘密であろう情報を当該転職者から聞き出そうとする行為も行ってはなりません。
もし、転職者が前職企業の営業秘密を持ち出して自宅に保管していた場合には、この上司の言動が圧力となり、違法と分かっていても転職先企業で当該営業秘密を開示する可能性があるからです。
このようなことにより、転職先企業は、転職者を介した他社の営業秘密の流入を確実に防止する必要があります。
弁理士による営業秘密関連情報の発信