参考：経済産業省「「大学における秘密情報の保護ハンドブック」について」
ちなみに、これは下記のガイドラインを全部改訂したものです。
営業秘密管理指針でもそうなのですが、全部改訂されると、過去のガイドラインに記載され、参考になるものもざっくりと削除される場合があります。そこで、過去のガイドラインも列挙します。
・大学における営業秘密管理指針作成のためのガイドライン 平成16年
・大学における営業秘密管理指針作成のためのガイドライン 平成18年5月改訂
・大学における営業秘密管理指針作成のためのガイドライン 平成23年3月改訂
これは、大学だけではなく独立行政法人や国立研究開発法人等の公的な研究機関でも参考になるのではないでしょうか？
大学等での研究の前提として、学会や論文により発表することを前提としたものがほとんどであると思われます。
そういった意味では、最終的には営業秘密はあまり意識し得ないこととも言えます。
発表前の情報は営業秘密として管理すべきかとも思いますが。
しかしながら、近年、産学連携が活発になっていますので、共同研究を行っている企業の秘密情報（営業秘密）が大学等に持ち込まれると思われます。また、研究において企業と共同保有する秘密情報が新たに生じるかと思います。
このため、大学等における営業秘密管理としては、企業等との共同研究において企業等から開示された秘密情報の管理が課題の一つとなり得るかと思います。この課題については、基本的にコンタミの発生を防止するために他の情報と区別して管理する等、企業における営業秘密管理と同じ管理方法によって解決できるものかと思います。
一方で、大学等の公的な研究機関では、企業における秘密情報の管理とは視点が異なる事があるのではないでしょうか。
これに関して、「大学における営業秘密管理指針作成のためのガイドライン 平成23年3月改訂」の２６ページに「一つの研究室が複数の企業と共同研究を行う場合には、各企業から受け取った情報間でコンタミネーション（情報の混入）が生じる可能性があることから、例えば、企業ごとに共同研究を行う場所を分けるなどの対応をとることが望ましい。」とあります。
公的な研究機関の研究室では、複数の企業と同時に共同研究を行う可能性があると思います。企業においても、同様の可能性はあるかと思いますが、公的な研究機関ではその割合は大きいのではないでしょうか。
このように、複数の企業と同時に共同研究を行う場合、その研究室では、複数の企業の秘密情報を同時に管理しなければなりません。
この様な状況では、その研究室は、秘密情報の管理を相当意識して行わないと、コンタミを引き起こす可能性があります。
最悪の場合、ある企業との共同研究において研究室を介して他企業の秘密情報が混入し、その結果、ある企業へ他企業の秘密情報がその共同研究の成果と共に混入（流入）し、コンタミが生じます。
そして、コンタミが生じた企業は、他企業から秘密情報の流入について警告を受ける可能性があります。もし、コンタミが生じた企業が既にこの研究成果と共に他企業の秘密情報を用いた製品等を製造・販売していたら、その製造・販売も停止しなければならないかもしれません。
その結果、その研究室又は研究機関に対して、刑事事件に至らないまでも、秘密保持義務違反等に基づいてこれらの企業から責任を追及される可能性も考えられます。
このような事態に陥らないように、当該研究室では、共同研究を行っている企業ごとに、データのアクセス管理を徹底し、実験内容等も関係しない研究者（学生）等に可能な限り開示しないようにしないといけません。
しかしながら、大学であれば、学生に対する教育機関という側面もあるため、研究内容や情報を関係しない学生に対して全く開示しない、とはできないかもしれません。
このため、研究室内で開示可能な情報と開示できない情報との区別を明確につけ、それに沿って学生に対する教育等を行うべきかと思います。
学生は、そのほとんどは大学を卒業し、場合によっては研究室で共同研究を行っていた企業の競合他社へ就職するかもしれません。そのときに、その学生が競合他社へ共同研究を行っていた企業の営業秘密を持ち込む可能性は否定できません。そのリスクをどのようにして解消するかが当然課題となります。
さらに、教授や指導教官等も、共同研究を行っている企業の秘密情報を知り得る立場にあります。そして、複数の企業とで共同研究を行っている場合、教授等は、学生に対する指導や研究方針等の立案において、自身の頭の中にある他の企業の秘密情報を不用意に開示しないように常に心掛ける必要があります。
データを示す等しなくても、口頭で話すことも秘密情報（営業秘密）の開示にあたり、その結果、コンタミを生じさせる可能性があるからです。
このように、大学等の公的な研究機関は、秘密情報（営業秘密）の管理について十分な理解と高い意識を最も必要とする組織の一つであると考えられます。
また、研究者にとって秘密情報の管理は、自身の仕事の本質的なものではないため、疎かにしがちかもしれません。しかしながら、共同研究を行っている企業の秘密情報を漏洩させてしまうと、その責任を問われる事態に陥る可能性があります。このため、自信を守るという意味でも、秘密情報の管理は適切に行うべきと考えます。